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干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?
发布时间 2023-11-28

HMDB(The Human Metabolome Database)是一个在有关人类研究中通常被用到的代谢物数据库,它可以被用来查找物质的信息,也可以用来判断物质是否为内外源代谢物。截至目前,HMDB共收录了248079个代谢物及8299个与这些代谢物相关的蛋白质序列条目。接下来,小趣将介绍HMDB数据库,并阐述如何在代谢物界面获取自己想要的信息。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图1)

在HMDB网站(https://hmdb.ca/)的首页,我们会看到HMDB数据库分为Browse,Search,Download这3个版块。这3个版块分别对应不同的功能,在Browse界面,我们可以通过众多类别来寻找感兴趣的代谢物,比如根据疾病、蛋白质、通路等来查找相关代谢物。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图2)

在Search界面,我们可以通过构建化合物、分子量、复杂文本匹配等来检索或鉴定代谢物。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图3)

如果要查找大量代谢物的信息,在Download界面,我们可以下载HMDB 1.0至5.0版本的代谢物或蛋白信息的数据集,在本地更方便快捷地获取数据信息。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图4)

既然是对代谢物进行探索,那怎么能少了对代谢物信息界面的介绍呢。接着,我们将以1-Methylhistidine(HMDB0000001)为例,介绍代谢物的信息,以及在研究中可能会关注的地方。下图展示的是1-Methylhistidine在HMDB数据库的信息界面:

1. Record Information & Metabolite Identification:里面包含了物质的一些基本信息,如HMDB ID、对物质的详细描述、结构式、分子量等,在代谢物描述中可能会提到代谢物的来源情况,以此来判断是内源物质还是外源物质。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图5)

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图6)

2. Chemical Taxonomy:这里展示了该物质的化学分类信息,里面较为关注的是Super Class、Class、Sub Class这些信息,在同一类代谢物的相关研究中可以被使用。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图7)

3. Ontology:本体论。在这可以了解到该物质对人体的生理作用以及它的来源信息(是否内外源)。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图8)

4. Physical Properties:这里介绍了该物质的一系列物理性质,包括分子性质和色谱特性。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图9)

5. Spectra:这里展示了该物质测定的光谱信息,里面包含了气相、液相等结果。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图10)

6. Biological Properties:这里介绍了该物质的生物学特性,Pathway展示了该物质所在的通路信息。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图11)

7. Normal&Abnormal Concentrations:该物质的标准浓度和异常浓度。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图12)

8. Associated Disorders and Diseases:在这里会有该物质相关的病症和疾病信息,里面提供了一部分包含该物质的文献和疾病类型,但是不够全面,更多的内容还是要去文献相关网站搜索。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图13)

9. External Links:外部链接。里面包含了该物质在其他数据库里的ID信息,点击后可以直接跳转到对应界面。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图14)

10.References:参考文献,展示了上述所有信息的文献来源。

干货分享 | 如何在HMDB数据库找到你想要的代谢物信息?(图15)

以上就是HMDB数据库里对代谢物信息使用的介绍了,各位小伙伴可以自行选择感兴趣的物质去检索并尝试获取信息。


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